連携大学院制度は、研究機関と大学院が連携・協力して学生の指導を行い、学生の資質向上を図り、相互の研究交流を促進することによって、学術及び科学技術の発展に寄与することを目的とする制度です。
国立循環器病研究センターでは、連携大学院制度に基づいて、大学と協定を結び、大学院生に研究指導を行っています。

連携大学院協定大学一覧

大阪大学医学系研究科	医学専攻	・循環微小画像医学
		・循環制御医学
	保健学専攻	・分子イメージング学
		・血栓症診断学
大阪大学大学院薬学研究科		・分子生理病態学分野
大阪大学大学院基礎工学研究科		・デザインバイオニクス講座
京都大学医学部		・生理活性ペプチド講座
立命館大学
東海大学
奈良先端科学技術大学院大学		・放射線機器学講座
北海道大学大学院工学研究科		・総合科学院生物科学コース細胞生物工学講座
長岡技術科学大学
鳥取大学		・再生医療学分野
東京理科大学		・総合研究機構インテリジェントシステム研究部門